En la mayoría de los casos, el molusco contagioso desaparece por sí solo sin tratamiento alguno. Cada protuberancia suele desaparecer al cabo de 2 a 3 meses. Pueden aparecen nuevas protuberancias mientras desaparecen las viejas. Por lo tanto, el molusco contagioso puede tardar de 6 a 12 meses en desaparecer por completo (y a veces más tiempo).